康熙平的三次混乱在历史上也很有名。一开始，三次如此强大，为什么不打败康熙，最后让康熙打败。政治分化崩溃，集中精力打击吴三桂。吴三桂举起判旗后，康熙立即在全国范围内宣布犯罪，在北京处决儿子，并停止撤退。耿仲明两次宽容耿仲明在北京的弟弟。
从那以后，耿忠和尚之信一闪而过。康熙一直在招抚他，称他的混乱变成了无知的诱惑，并坦白说他永远不会说话。在军事上，康熙制定了一套准确、周密的作战计划。一方面，他派士兵到常德、四川、荆州、安庆等地拦截吴军，切断吴军和耿的联系。另一方面，他积极部署山东兖州的后方。山西太原是后方军队的集中点。
混乱发生后，吴军来势凶猛，迅速攻占岳州、衡阳等地。耿忠忠忠于福建反清，随后陕西提督王辅臣也在吴三桂的诱惑下反清，占领平凉，与进攻四川的吴将王平藩相呼应。几个月来，陕西、甘肃、四川、湖南、贵州等省都由吴军控制。吴三桂自然被胜利冲昏了头脑。他认为军事技能是无与伦比的，并试图压迫康熙和谈。
然而，康熙已经看穿了他狡猾的心理，不仅不为所动，还积极备战。首先，命清军挺进岳州，直接进攻。其次，安慰王辅臣失败后，进军平凉，迫王投降，王屏藩也失去了声援，逃到汉中。最后，康熙得知吴三桂谋结青海多尔济的企图，立即命张勇屯甘州防御，使青海和硕特各部归故巢。此后，清廷大致平定陕甘，使吴三桂阴谋彻底破产。十月后，耿精忠降清，福建被收复。康熙十五年五月，清军再次攻占广西。
康熙十六年五月，在清镇南将军莽的进攻和吴三桂的逼迫下，尚之信走投无路，只能降清。之后，吴三桂只剩下四个省，府库空无一人。此外，吴军横征暴敛，使人民怨声载道，众叛亲离。康熙十七年三月，吴三桂在衡阳称帝，国名周。八月，清军压境，吴气绝而亡。18年初，清军先后攻占长沙、衡阳。十九年正月，清军提督征服成都。二十年十月，清军在昆明城下大获全胜。三桂孙世凡自杀，余党被活捉，武装送往北京，并处以死刑。至此，康熙平定了三藩之乱，清廷取得了最后的胜利。