为了加强对内的侦缉和镇压，并且监视各级职官的图谋不轨，朱元璋于洪武十五年（1382年）设立锦衣卫。锦衣卫原本是保卫皇帝的清君侍卫（贴身侍卫军），洪武三年改为清军都御护，洪武十五年改为锦衣卫清军都指挥司，简称锦衣卫。京师卫所中的锦衣卫负责皇帝的仪仗，其校尉是天子的卫士，锦衣卫的实质是皇帝直接指挥的特务机构，卫所中的锦衣卫属于军事监察性质。锦衣卫不受中央各部的节制，仅对皇帝负责，有自己的法庭和监狱，可以杖杀大臣，审理案件时， 无严格意义的法律程序。锦衣卫下辖南北镇抚司，密辑盗、贼、奸，北镇抚司还管刑狱，专管皇帝下令审察的案件，如对大将蓝玉谋反案的镇压，杀了一万五千人。锦衣卫还专门纠察功高位重之臣，为专制皇权服务。
与此同时，明太祖鉴于汉唐宦官专权的弊病，在强化专制集权的同时，及时对宦官进行了防范。明太祖说，宦官阉人“善者千百中不一二，恶者常千百，若用为耳目则目蔽，用为心腹则心腹病”，并在殿堂立三尺铁牌，书八字：“内侍不得干预朝政”。
明成祖继位因为得到宦官的帮助，开始重用宦官，造成了明成祖以后直到明末宦官专权的局面，成为难以克服的内患。明成祖设东厂，作为皇帝的耳目，由亲信太监统领，权力高于锦衣卫，东厂的出现，是封建专制主义高度发展的产物，进一步强化了皇权。
当时宦官有二十四个衙门，其专权的方式有三种：一是“批红”，即记录皇帝的诏令，代皇帝批阅奏章，裁夺“票拟”意见，此事由司礼监秉笔太监办理，久而久之，太监成了皇帝的代言人，甚至改动皇帝的诏令。二是插手司法，明太祖设锦衣卫时，纠辑谋反者由大臣掌管。成祖时加设东厂，明宪宗成化年间加设西厂，明英宗正统时加设内行厂，东厂、西厂也在内行厂的纠察之内，由宦官掌管，专门纠察各级官吏的“犯上、谋逆”行为，直接对皇帝负责，不必经“三法司”（刑部、大理寺、都察院）批准，即可逮捕用刑。英宗时，派太监审理大理寺狱囚，据《明史·金英传》载，太监金英“张黄盖中坐，尚书以下左右列坐”。三是插手军事，代宗、英宗时，京师设“团营”护城，由宦官节制，并到地方监军，内行厂太监掌握了一部分军权，使锦衣卫的军警地位形同虚设。
最早专权的王振，原在东宫侍英宗，英宗继位时才九岁，长大亲政之后，王振毫无顾忌，拔去太祖所立“内侍不得干预朝政”的铁牌，大臣们对之极尽谄媚，公卿称之为“翁父”，皇帝称为“先生”。接着是宦官曹吉祥总领京师三大营，又任司礼监秉笔太监，他的义子曹钦想当皇帝，敢率兵攻打皇宫。宪宗时汪直专权，控制西厂，“威势倾天下”，以致当时人“只知有汪太监，不知有朱天子”。
宦官利用厂卫专权，武宗时期的刘瑾达到高峰，京城里传说朝中有两个皇帝：一个坐皇帝，一个站皇帝；一个朱皇帝，一个刘皇帝。大臣写奏章要一式两份，一份给刘瑾，一份给通政司转皇帝，刘瑾亲自设立和掌管“内行厂”，东厂、西厂的人员也在被纠辑之列。这也是文学作品对刘瑾感兴趣的原因。
需要特别指出的是，明朝的宦官专权虽然频繁，但没达到唐朝后期的严重程度，没有出现宦官废立皇帝的事例，明朝皇帝始终抗制着宦官，后来刘瑾也以谋反罪被诛，以发现其家有玉带等禁物为由，而诛之。
明朝官员往往受制于宦官，多数大臣与太监有矛盾，不敢与之抗争，有矛盾的官员或被诛、贬，或卖身投靠，更不敢直言极谏，敢于直言的只有海瑞一人，海瑞给嘉靖皇帝上书直言朝政多弊，海瑞舍身进谏，上疏前已自备棺材，散家仆，诀别妻子。明朝的刚直官吏极少，这与宦官长期专权有关。
锦衣卫随着明朝灭亡而退出历史舞台，东厂由明成祖建立，东厂自建立后，一直与锦衣卫并存，前后长达200余年，西厂建立在明宪宗时期，也由宦官控制，目的是为了加强统治，西厂与东厂性质虽然相同，彼此之间常常争功夺利，内行厂由明武宗时的宦官刘瑾建立，其目的是加强对锦衣卫、东厂、西厂的控制，刘瑾被铲除后，内行厂随之解散，前后存在不到5年。
明朝皇帝设厂卫的初衷和目的是为了加强中央集权，事实上，厂卫被宦官控制后，成为腐朽势力，倒行逆施，并且造成吏治不举，激化了社会矛盾，使明朝走向了灭亡。